第1章 Linux操作系统基础知识

1.1 Linux操作系统简介

1.2 Linux操作系统结构

1.3 Windows系统与Linux系统通信方法

1.4 Linux系统常用命令

1.5 文本编辑软件Vim

1.6 Bash脚本编写

1.7 作业管理系统

小结

练习题

参考文献

第2章 药物分子结构基础

2.1 引言

2.2 二维分子结构图

2.3 分子图论与SMILES格式

2.4 分子连接表与三维结构文件格式

2.5 三维分子模型

2.6 文件格式转换工具

2.7 分子力学和分子力场

2.8 量子化学计算

小结

练习题

进阶阅读材料

参考文献

第3章 药物作用靶标结构基础

3.1 引言

3.2 蛋白质结构测定手段

3.3 PDB文件结构

3.4 PyMOL软件

3.5 同源建模

3.6 补充缺失的重原子

3.7 质子化状态和氢原子坐标

3.8 蛋白质与蛋白质分子对接

小结

练习题

参考文献

第4章 分子对接

4.1 引言

4.2 分子对接软件AutoDock和对接流程

4.3 AutoDock分子对接示例

4.5 AutoDock Vina分子对接过程

4.6 PyMOL中AutoDock插件分子对接过程

4.7 基于分子对接的虚拟筛选

小结

练习题

参考文献

第5章 分子动力学模拟

5.1 引言

5.2 基本概念与原理

5.3 AMBER分子动力学模拟流程

5.4 泛素蛋白分子动力学模拟

5.5 Sirtuin 3结合抑制剂复合物动力学模拟

5.6 DNA片段结合小分子复合物动力学模拟

5.7 Gromacs分子动力学模拟流程

小结

练习题

参考文献

第6章 基于配体的药物设计

6.1 引言

6.2 基本概念

6.3 分子指纹

6.4 分子相似性

6.5 基于相似性和子结构的数据库检索

6.6 OpenBabel应用于分子相似性检索

6.7 朴素贝叶斯分类模型

小结

练习题

参考文献

索引